院长 谢更新：全面负责先进技术研究院、深空探测中心工作。主管项目管理办公室。

副院长 熊辉：负责先进技术研究院日常工作、深空探测中心重庆事宜、军民融合。分管综合管理办公室、质量保障与保密办公室。

副院长 杨小俊：负责深空探测中心日常工作、先进技术研究院北京事宜。分管深空探测中心北京办公室。